高新技术企业申报流程的程序如下：
　　1.自我评价
　　企业应对照《认定办法》第十条进行自我评价。认为符合条件的在“高新技术企业认定管理工作网”。
　　2.高新认定注册登记
　　企业登录“高新技术企业认定管理工作网”，按要求填写《企业注册登记表》(附1)，并通过网络系统上传至认定机构。
　　高新认定机构应及时完成企业身份确认并将用户名和密码告知企业。
　　3.准备并提交材料。
　　企业根据获得的用户名和密码进入网上认定管理系统，按要求将下列材料提交认定机构：
　　(1)《高新技术企业认定申请书》;
　　(2)企业营业执照副本、税务登记证书(复印件)
　　(3)经具有资质并符合本《工作指引》相关条件的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用(实际年限不足三年的按实际经营年限)、近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计报告;
　　(4)经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表(含资产负债表、利润及利润分配表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限);
　　(5)技术创新活动证明材料，包括知识产权证书、独占许可协议、生产批文，新产品或新技术证明(查新)材料、产品质量检验报告，省级(含计划单列市)以上科技计划立项证明，以及其他相关证明材料。
　　4.组织审查与认定
　　(1)认定机构收到企业申请材料后，按技术领域从专家库中随机抽取不少于5名相关专家，并将电子材料(隐去企业身份信息)通过网络工作系统分发给所选专家。
　　(2)认定机构收到专家的评价意见和中介机构的专项审计报告后，对申请企业提出认定意见，并确定高新技术企业认定名单。
　　上述工作应在收到企业申请材料后60个工作日内完成。

5.公示及颁发证书
　　经认定的高新技术企业，在“ 高新技术企业认定管理工作网”上公示15个工作日。公示有异议的，由认定机构对有关问题进行查实处理，属实的应取消高新技术企业资格;公示无异议的，填写高新技术企业认定机构审批备案汇总表，报领导小组办公室备案后，在“高新技术企业认定管理工作网”上公告认定结果，并由认定机构颁发“高新技术企业证书”(加盖科技、财政、税务部门公章)。
　　6.高新技术企业资格自颁发证书之日起生效，有效期为三年。
　　知识产权、科技成果转化能力、研究开发的组织管理水平、成长性指标等四项指标，用于评价企业利用科技资源进行创新、经营创新和取得创新成果等方面的情况。该四项指标采取加权记分方式，须达到70分以上(不含70分)。
　　第一步
　　企业根据《认定办法》和《工作指引》进行自我评价，初步判断是否达到认定条件的要求。
　　第二步
　　企业登录"高新技术企业认定管理工作网"（按要求填写《企业注册登记表》，并通过网络系统提交至认定机构。认定机构核对企业注册信息，在网络系统上确认激活后，企业可以开展后续申报工作。
　　第三步
　　企业登录" 高新技术企业认定管理工作网"，按要求填写《高新技术企业认定申请书》 ，通过网络系统提交至认定机构，并向认定机构提交书面材料。
　　第四步
　　认定机构收到企业申报材料后，从专家库中抽取至少5名评审专家(其中技术专家不少于60%，并至少有1名财务专家) 组成专家组。进行审查
　　第五步
　　认定机构根据专家组评审意见，对申请企业申报材料进行综合评审（可视情况对部分企业进行实地核查） ，提出认定企业名单，报领导小组备案，报送时间不得晚于每年11月底。
　　第六步
   　经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
　　第七步
　　经认定报备的企业名单，由领导小组办公室在"高新技术企业认定管理工作网"公示10个工作日。有异议的，须以书面形式实名向领导小组办公室提出，由认定机构核实处理；领导小组办公室可对报备企业进行随机抽查，对存在问题的企业交由认定机构核实情况，提出处理建议。
　　认定结构
　　各省、自治区、直辖市、计划单列市科技行政管理部门同本级财政、税务部门组成本地区高新技术企业认定管理机构简称认定机构。办公室设在省级、计划单列市科技行政主管部门。

书面材料
　　1.《高新技术企业认定申请书》 （在线打印并签名、加盖企业公章）；
　　2.企业营业执照等相关注册登记证件的复印件（加盖公章）；
　　3.知识产权相关材料（知识产权证书及反映技术水平的证明材料、参与制定标准情况等）、科研项目立项证明（省级（含计划单列市）以上科研项目立项证明，对已验收或结题项目需附验收或结题报告）、科技成果转化（总体情况与转化形式、应用成效的逐项说明）、研究开发组织管理（总体情况与五项指标符合情况的具体说明）等相关材料；
　　4.企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标的具体说明，相关的生产批文、认证认可和资质证书、产品质量检验报告等材料；
　　5.企业职工总体情况说明与科技人员名单；
　　6.经具有资质并符合条件的中介机构出具的企业近三个会计年度（实际年限不足三年的按实际经营年限，下同）研究开发费用、近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
　　注：（企业自选符合以下条件的中介机构）
　　(1)具备独立执业资格，成立3年以上，近3年内无不良记录；
　　(2)承担认定工作当年具备执业资格（注册会计师、税务师）的人员占职工全年平均人数的比例不低于30%，全年月平均在职职工人数在20人以上；
　　7.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
　　8 .近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
　　注：对涉密企业，须将申请认定高新技术企业的申报材料做脱密处理，确保涉密信息安全。
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